W XIII w. Kościół Chrystusowy za interwencją Ducha Świętego eksplodował z nową siłą. Rozpoczyna się trzynasty wiek, złoty wiek kościoła - bo żebraczy - jak powiedzą historycy. Chrystus wzbudza Kościołowi dominikanów i franciszkanów, dla odmiany duchowej, aby zapobiec kryzysowi wiary. 

W XIII wieku istotne znaczenie dla rozwoju kościoła miał sposób ustanawiania przez możnowładców fundacji kościelnych i zakonnych. W obowiązującym prawie były one składnikiem majątku fundatora danym w użytkowanie kościołowi. Była to tzw. instytucja kościoła prywatnego. Innocenty III domagał się immunitetów, zwalniających jurysdykcję władców świeckich nad dobrami kościelnymi, wymagał od biskupów zerwania z zasadami kościoła prywatnego i podporządkowania się papieżowi i Stolicy Apostolskiej i to był przełom rewolucyjny. Wielkość potęgi papiestwa nie tylko okazała się w zwycięstwie nad cesarstwem, lecz także wstrząsnęła całą Europą. Gorące pragnienie oswobodzenia Ziemi Świętej z rąk niewiernych, kazało zamilknąć wszelkim narodowościowym i socjalnym sporom na Zachodzie, idea ta jednak została wypaczona i nie osiągnięto zjednoczenia.

W XIII wieku Papież, ustanawia narzędzia przemian w Kościele - wędrowne kaznodziejstwa - dominikanów i franciszkanów. Dominikanie mieli nauczać a franciszkanie swym przykładem przypominać o potrzebie naśladowania Chrystusa. Papież, popiera prowadzoną przez Polskę chrystianizację Prusów i Jaćwingów. Uznaje ziemię Polską za lenno Stolicy Apostolskiej. Zwołuje Sobór Laterański IV, który określa Eucharystię w kategoriach transsubstancjacji, potępia herezje i wzywa władze świeckie, aby udzielały pomocy przy jej zwalczaniu, wprowadza wymóg corocznej spowiedzi przez katolików i nakaz noszenia przez żydów i muzułmanów odrębnych strojów oraz postanowienie zachowania pokoju czteroletniego, aby można było przygotować się do podjęcia kolejnej krucjaty.

Działania arcybiskupa ryskiego wyznaczyły program chrystianizacji plemion pogańskich nad Bałtykiem. Na Wschód do Prusów i Kumanów i wybierał się  przecież z misją św. Dominik, chciał dotrzeć nawet do Mongołów z pierwszą misją papieską, lecz zawrócił  poruszony herezjami katarów, uznał ich za zagubione dzieci kościoła poszukujące dróg do nawrócenia i pozostał we Francji. Mongołowie byli  "ateistami" w dzisiejszym znaczeniu tego słowa. Na terytorium swego imperium od Pacyfiku, aż po Ruś mieli do czynienia z różnymi religiami wszystkie tolerowali i nie zabraniali ludności kultu rodzimych bogów.
Po śmierci Inocentego III następcą zostaje Honoriusz III (1216-1227). Papież wysyła pierwszych braci z Zakonu Kaznodziejskiego do Polski, a generał zakonu, powierza kierownictwo tej misji kanonikowi kapituły wawelskiej Jackowi Odrowążowi, jego działania zmienią bieg historii.
W czasie kiedy Jacek wyrusza do Polski z zamiarem zorganizowania prowincji dominikańskiej, około roku 1217, Honoriusz III, wskazał pogańskie kraje nad Bałtykiem jako cel misji chrystianizacyjnej Kościoła. Pragnąc akcji nadać charakter powszechny, zwrócił się do ludów Polski, Pomorza i Europy, o krucjatę duchową i materialną rycerzy, którzy nie mogą udać się do Palestyny i dał im dyspensę (zezwolenie), aby udali się do Prus, zamiast do Palestyny. Nakazuje im posłuszeństwo we wszystkim, biskupowi Chrystianowi. Zaleca też stosowanie wojny ekonomicznej przeciwko Prusom, aby zmusić ich do uległości. Prowokuje tym ostrą reakcję Prusaków, którzy organizują wypady odwetowe na teren Polski. Gdzieś pod koniec 1218 lub na początku 1219r. akcja biskupa Chrystiana ponosi fisko, mimo, ze zabrał na sobór Laterański delegację książąt pruskich, to musiał wycofać się z ich terenów. Dotychczasowe plany zostałyby zrujnowane, gdyby na na scenę polityczną i społeczną nie wkroczyli misjonarze z Zakonu Kaznodziejskiego św. Dominika. Działalność polskich misjonarzy była różnorodna, zorganizowali swoje klasztory na pograniczu z Prusami i przystąpili do nakazanego im dzieła. Utwierdzali w wierze nawróconych Prusów i przyciągali nowych, obsługiwali rycerzy przybyłych na krucjatę i osadników napływających z Polski i z Zachodu, gdyż nowa ekonomia wymuszała zakładanie miast, tworzyli strefę buforową dla żywiołu niemieckiego prącego na Wschód. Praca na granicach Prusów i Jaćwingów była bardzo trudna bo i sytuacja polityczna była skomplikowana. Nadgraniczny władca książę Świętopełk żywił własne plany zaborcze wobec Prus, biskup Chrystian marzył o sprawowaniu świeckiej władzy nad ich krajem, książę Konrad Mazowiecki ściągał z nich dodatkowe daniny, mimo że Stolica Apostolska zapewniała Prusów o zaniechaniu podwójnego opodatkowania. (47). Książęta Kujawscy nie pozostawali w tyle i postępowali podobnie. Arcybiskupstwo w Gnieźnie nie wiedziało po której stronie ma stać miejscowych - skłóconych władców, czy Stolicy Apostolskiej. Nie radzono sobie z problemem na terytorium, które dzisiaj można przejechać samochodem w dwie godziny. Takie słabe państwo Piastów. Prusacy się jednak nie poddawali

Doszło do zbliżenia Kościoła Łacińskiego z Rusią. W 1247 papież wziął pod opiekę Daniela Halickiego związanego z dworem Leszka Białego i zaproponował mu nawet koronę, której ten nie przejął w obawie przed Tatarami. Jednakże  po zapewnieniu przez Kościół ochrony przed Tatarami, w 1253r legat papieski Opizon koronował Daniela w Drohiczynie. Wkrótce Daniel nie uzyskawszy pomocy zerwał ze Stolica Apostolską. Równie nietrwałe skutki miała koronacja księcia litewskiego Mendoga, który przyjął chrzest i koronowany został w Nowogródku przez biskupa chełmińskiego, dominikanina Henryka. Te wydarzenia inicjował, choć nie brał w nich bezpośredniego udziału Jacek.

Polska miała ukształtowaną organizację kościelną już od czasów Bolesława Krzywoustego, kiedy nastąpił podział  jej terytorium na diecezje, w których pracowali biskupi. Diecezje podzielone były na archidiakonaty okręgowe, te zaś na kapituły katedralne lub kolegiackie i parafie. W polskim kościele istniały już zgromadzenia zakonne benedyktynów i cystersów osadzone w wielu fundacjach. Książę w roku 1188 ufundował w Oliwie klasztor Cystersów. Działały kongregacje kanonickie oparte na regule św. Augustyna, wśród nich największe znaczenie mieli norbertanie. Fundacje norbertańskie miały charakter możnowładczy i były mocno sfeminizowane. Zakładając i hojnie uposażając klasztory norbertanek, elita stwarzała możliwość zapewnienia dobrych warunków życiowych dużej liczbie córek i wdów.

W czasie  pontyfikatu Innocentego III, arcybiskup Henryk Kietlicz sformułował reformy Kościoła w Polsce mające mu zapewnić niezależność od władzy państwowej. Zakładał on wolną elekcję biskupów przez kapituły katedralne, zaprowadzenie celibatu wśród duchowieństwa wszystkich szczebli, likwidacje kościoła prywatnego, wyjęcie duchowieństwa spod sądów świeckich i podporządkowanie Kościoła polskiego Stolicy Apostolskiej. Na początku XIII w. dochodzi do znacznej ekonomicznej emancypacji Kościoła w Polsce. Dla dóbr kościelnych na wzór niemiecki wprowadzane są przywileje immunitetowe zwalniające biskupstwa od ciężarów prawa książęcego i następuje w nich także przejmowanie uprawnień sądowniczych, zaczyna działać zasada rezygnacji książąt z przejmowania majątków po zmarłych biskupach.

W dobrach klasztornych wraz z zabiegami o uzyskanie immunitetu pojawiają się pierwsze miasta na prawie niemieckim, będącym starymi rozwiązaniami z czasów imperium rzymskiego. Pojęcie prawa niemieckiego dość wcześnie oderwało się od przybyszów zasiedlających nowe miasta, rozciągano je również na ludność rodzimą, dostrzegającą w nim ważny element gospodarczej przebudowy kraju. Klasztory umacniały znaczenie księstwa, utwierdzały jego miejsce, powagę w chrześcijańskim świecie, łączyły z innymi krajami i z Rzymem, zarazem dzięki sprawnej gospodarce podnosiły zyski nie tylko z własnych majątków, lecz również z okolicznych, stanowiąc dla nich wzór i pomoc, także oświecały lud.

Do takiego Kościoła, za  panowania Leszka Białego, przybywa do Krakowa, we wszystkich świętych roku 1220 Ojciec Jacek  Odrowąż z zakonnikami nowego Zakonu Kaznodziejskiego, jest witany uroczyście przez swego kuzyna, biskupa Iwo Odrowąża, samego księcia  i lud przyziemny, szczególnie ciekawy zobaczyć znanego kanonika w białym dominikańskim habicie. Przybysze zakładają  pierwszy konwent Zakonu Kaznodziejów na ziemiach polskich, zostaje on podniesiony później do rangi stolicy prowincji dominikańskiej i jest kolebką Kaznodziejów.

 Sytuację komplikuje wybuchł konfliktu księcia Świętopełka z Krzyżakami, kończący  się z resztą otwartą wojną, w której Świętopełk, ekskomunikowany przez Wilhelma z Modeny, zyskał poparcie Prusów i w kilka lat  później  w czasie najazdu Mongołów spustoszy w zemście ziemie Piastów, swoich panów. Chwilowo korzystna dla Krzyżaków sytuacja uległa zmianie podczas soboru w Lyonie, kiedy to Innocenty IV, poirytowany pomocą, jaką Zakon udzielił rywalizującemu z Rzymem cesarzowi Fryderykowi II, cofnął im swe poparcie w sprawach pruskich. Jednakże podjęta przez Stolicę Apostolską kompromisowa decyzja o utworzeniu arcybiskupstwa prusko-inflanckiego z uwolnionym Chrystianem na czele sprawiła, że niezadowoleni Dominikanie chwilowo wycofali się z misji pruskiej. Tak chwilowo Stolica Apostolska rozwiązała konflikt w Prusach.

 Analiza dokumentów papieskich sygnowanych w 1245r. pozwala uznać Henryka również za osobę odpowiedzialną za organizację politycznego i militarnego wsparcia misji krzyżackiej. W niedługim czasie został on ustanowiony biskupem chełmińskim. Znaczną aktywność Henryka na arenie politycznej potwierdza jego pobyt na Litwie w 1252, kiedy to koronował nawróconego rok wcześniej władcę litewskiego Mendoga. Jego osoba pokazuje jak wielkie znaczenie polityczne mieli Dominikanie. Po roku 1250  Henryk pojawia się w dokumentach jako biskup warmiński, pisze się o nim Henryk z Lipska. Nie wiemy, czy nie jest to Henryk z Moraw?

Po serii sporów i zamieszaniu politycznym Krzyżacy zawarli wreszcie porozumienie z arcybiskupem litewskim Albertem, czego efektem było nadanie w 1249 roku biskupstwa pomezańskiego kolejnemu reprezentantowi zakonu dominikanów- Ernestowi. Był on pierwszym członkiem tego zgromadzenia, który popadł w ostry spór z Krzyżakami, walcząc o podział wpływów w objętym przez siebie biskupstwie. Jego decyzja o opuszczeniu własnej diecezji na znak protestu przeciwko warunkom przedstawionym przez Krzyżaków nie przeszkodziła mu następnie pośredniczyć w sporze, jaki wybuchł pomiędzy Zakonem i Świętopełkiem II. Analizując tę skomplikowaną sytuację można się przekonać, że Dominikanie doskonale radzili sobie w złożonych grach politycznych. Do kolejnego konfliktu Krzyżaków z dominikanami doszło w roku 1257, kiedy to wspomniany już biskup Henryk, dawny prowincjał, zawarł przymierze, synem Konrada Mazowieckiego, przeciwko Krzyżakom.

Stolica Apostolska źle rozgrywała sprawy pruskie, widać to z perspektywy historycznej, jej polityka nie była jednoznaczna i wyraźna mimo, że wspierała starania książąt polskich o wstrzymanie ekspansji krzyżackiej, udzielając np. poparcia Kazimierzowi Kujawskiemu w jego staraniach o odzyskanie oderwanej od diecezji płockiej ziemi chełmińskiej, to sprzyjała i Krzyżakom.  Nawet po pojawieniu się na arenie politycznej antykrzyżacko nastawionych franciszkanów, Krzyżacy umiejętnie dążyli do ustanowienia swojego państwa na ziemiach, które mieli ochraniać dla polskich książąt. Fałszowali dokumenty i lobbowali na swoją rzecz raz u Papieża, raz u Cesarza, jak im było wygodnie.

 Kolejne lata nie zmieniły wiele w złych  stosunkach Dominikanów z Krzyżakami. Sprzyjający im w początkowym okresie Jacek Odrowąż zmienił stanowisko po rozpoznaniu ich separatystycznych planów. Pracy misyjnej dominikanów w dalszym ciągu towarzyszyły działania natury dyplomatycznej, które wobec trudniejszej sytuacji politycznej okazywały się niezbędne. Nie byli oni jednak w stanie stawić czoła bogatemu i doskonale zorganizowanemu zakonowi krzyżackiemu, który wyrastał na głównego pretendenta do objęcia władzy nad Pomorzem. Plany książąt piastowskich, cystersów i dominikanów wobec ziem Prusów i Jaćwingów zostały „pokrzyżowane”.

Niepodziewanie wszystko się zmienia do Europy wkraczają tabuny Mongołów Złotej Ordy, a ich zagony sięgają Prus. Skutki najazdu zmieniają historię  naszych ziem. Świat chrześcijański jednoczy się do obrony a pogańscy Prusowie i Jaćwingowie  wykorzystując to do ataku.
Po przejściu pożogi wojennej  do zniszczonego przez Ordę Krakowa, ogarniętego zmaganiami o władzę miedzy książętami i ich stronnikami  wraca w 1243 roku już na stałe jak twierdzą niektórzy hagiografowie, zmęczony pracą misyjną brat Jacek, który w swych ostatnich dziełach misyjnych  nie mógł zapewne liczyć na silne wsparcie polskich władców świeckich. Według nas św. Jacek nie zrezygnował ze swoich misji, brak dotychczas bezpośrednich dowodów, że po 1243 roku je podejmował, są ślady skutków jego działalności i okruchy informacji o tym.
W Małopolsce następujące wieloletnie panowanie Bolesława Wstydliwego,  zapewniło  Jackowi ugruntowanie prowadzonych prac apostolskich i duszpasterskich  i przyczyniło się do wzrostu  kultu jego osoby tak za życia jak i po śmierci.  Z okresu tego pozostaje wiele informacji pośrednich o  wpływie  Świętego na dwór książęcy i kościół krakowski.

W 1254 r. kanonizacja św. Stanisława była okazją do wielkiego zjazdu przedstawicieli dynastii piastowskiej w Krakowie, w którym oprócz księcia Bolesława Wstydliwego udział wzięli książęta: wielkopolski Przemysław I, kujawski Kazimierz, mazowiecki Siemowit oraz opolski Władysław. W doprowadzeniu do kanonizacji biskupa Stanisława wielką rolę odegrał zapewne św. Jacek, bowiem to dominikanie krakowscy brali udział w poselstwie w sprawie kanonizacji, było to Jackowe ostatnie wielkie dzieło dla ewangelizacji Polski.

Mimo, że efekty zjazdu Piastowiczów były niewielkie dla podtrzymania jedności dynastii z uwagi na stopień skłócenia rodziny, to kanonizacja przypomniała narodowi jego dawną wielkość i jedność państwową oraz rozbudziła nadzieje na przywrócenie korony królewskiej - utraconego symbolu suwerenności.

Narodowi pozostała wiara w opatrzność Bożą i wstawiennictwo świętych: Stanisława...i Jacka. Św. Jacek umiera w 1257 roku